Johann Adolph übernahm im Sommer 1680 die Regierung im Herzogtum Sachsen-Weißenfels. Er hatte mit erheblichen Finanzproblemen zu kämpfen und musste nach dem Verlust des Magdeburger Erzbistums seinen Regierungssitz von Halle (Saale) nach Weißenfels verlegen. Das neue Residenzschloss war zu diesem Zeitpunkt noch Baustelle: Erst 1695 war es weitgehend fertiggestellt. Bei den Kurfürsten in Dresden genoss Johann Adolph sehr großes Ansehen, zeitweilig führte er den Ehrentitel „Kurprinz“. Er hinterließ ein gefestigtes Herzogtum.